Ο Βοτανικός Κήπος «Απόλλων – Δελφοί» έχει ως αποστολή τη διατήρηση, τη μελέτη και την ανάδειξη της χλωρίδας του Παρνασσού, και τη σύνδεση της γνώσης αυτής με την τοπική κοινωνία και την οικονομία της περιοχής.
Διατηρούμε ζωντανή συλλογή ιθαγενών φυτών του Παρνασσού — φαρμακευτικών, αρωματικών, εδώδιμων και καλλωπιστικών — με έμφαση στα ενδημικά και στα απειλούμενα είδη, ενώ παράλληλα συγκεντρώνουμε γενετικό υλικό σε τράπεζα σπερμάτων. Τα μελετάμε σε συνεργασία με επιστήμονες από τη βοτανική, τη γεωπονία και τη φαρμακευτική, με ενδιαφέρον που εστιάζει στα βιοδραστικά τους συστατικά και στην παραδοσιακή τους χρήση από την αρχαιότητα έως σήμερα. Στο ίδιο πλαίσιο εντάσσονται η χλωριδική καταγραφή του Παρνασσού και η μικροκλιματική παρακολούθηση του Κήπου.
Μελετάμε επίσης την καλλιέργεια των ειδών αυτών με μεθόδους αειφόρου γεωργίας, ώστε η ζήτηση να καλύπτεται από καλλιέργεια και όχι από συλλογή στη φύση. Τη γνώση αυτή τη μοιραζόμαστε μέσα από μαθήματα και εργαστήρια πεδίου, με έμφαση στους νέους της περιοχής.
Ο Κήπος φιλοδοξεί έτσι να λειτουργήσει ως αφετηρία για μεγαλύτερο μερίδιο ιθαγενών ειδών στις καλλιέργειες της Στερεάς Ελλάδας. Το κενό είναι μεγαλύτερο απ’ όσο φαίνεται: από τα είδη θυμαριού που κυκλοφορούν στην ελληνική αγορά κανένα δεν είναι ελληνικής προέλευσης, ούτε καν το κοινό θυμάρι των χαμηλών υψομέτρων, η Thymbra capitata.
Ο Κήπος είναι μέλος του Botanic Gardens Conservation International (BGCI) και συνεργάζεται με εκπαιδευτικά ιδρύματα, ερευνητικούς φορείς και τοπικούς οργανισμούς.